V databázi EcoMonitor je možné samostatně vyhledávat ve třech různých typech zdrojů:

1. články z tisku a zpravodajských serverů: současná databáze obsahuje příspěvky od roku 2001 a pro vyhledávání ve straších článcích (od roku 1997) je nutné použít Archiv. Zde je databáze rozdělena do dvou částí, a to díky různám způsobům indexování a zařazování článků. Z technických důvodů bohužel nebylo možné umožnit vyhledávání v obou částech současně.
2. původní články EcoMonitoru: jedná se o články vycházejí z cizojazyčných médií a je možné je zde majít od 1.4. 2003.
3. tiskové zprávy: aktuálně je zde možné vyhledávat tiskové zprávy od roku 1997. Pro část tiskových zpráv z období 1997 - 2001 byl ale použit jiný způsob indexování, a proto je možné v nich možné vyhledávat pouze v archívu.

Pro vlastní vyhledávání je možné u všech typů zdrojů použít jednoduchý vyhledávací formulář, který je umístěn vždy ve spodní části hlavní stránky. Zde je možné vyhledávané informace omezit podle data, zadat jednu z předdefinovaných kategorií, nebo vyhledávat pomocí vybraného klíčového slova či slovního spojení.

Všechny texty v databázi ecomonitor jsou ručně zařazeny do kategorií, podle kterých je možné je i vyhledávat. Kategorie se týkají jak hlavních témat (doprava, energetika, krajina a chráněná území, zemědělství apod.) tak regionů (kraje ČR, Evropa, Asie apod.), politiky (jednotlivá ministerstva, hlavní politické strany, státní správa), dále orgánů Evropské unie (Evropská komise, Evropský parlament apod.) a témat Zelené domácnosti, které se zaměřují na každodenní chování vstřícné životnímu prostředí.

V databázi je možné hledat články buď výběrem jednotlivé kategorie, nebo pomocí jejich kombinace. Navíc v každém oddíle kategorií existují podkategorie, které umožňují přímé vyhledání článků k důležitému tématu (elektrárna Temelín, dálnice D8, Rámcová úmluva OSN o ochraně klimatu apod.).

V poli Hledaný text můžete psát hledaná slova oddělená pouze mezerou, která má implicitně význam AND.

Při zadání textu můžete použít následující operátory AND, OR, NOT, +, -, (), "", ?, *.